住宅ローン控除の調書方式：年末調整用データの取得・提出手順【令和8年分】

結論：2年目以後は4手順で会社へ提出する

調書方式は、金融機関が年末残高等調書を税務署へ提出し、国税当局が本人へ年末残高情報を提供する仕組みです。銀行から届く従来の年末残高等証明書を会社へ出す流れとは異なります。ただし、本人の年末調整申告まで自動で終わる制度ではありません。

実際の作業は、対象を確認し、電子交付の設定を見直し、e-Taxから控除証明書等データを保存し、会社指定の形式に整えて提出する4段階です。会社のシステム名やアップロード欄は勤務先ごとに違うため、国税庁の一般手順と社内案内を組み合わせて進めます。

調書方式と証明書方式の違い

調書方式では、金融機関が税務署へ年末残高等調書を提出します。税務署から本人へ交付される控除証明書には、借換えなど一定の場合を除き、年末残高や控除見込額が反映されます。年末調整では、その情報を使って作成した控除申告書のデータまたは書面を勤務先へ提出します。

証明書方式では、金融機関から本人へ届く年末残高等証明書を、控除申告書とともに勤務先へ提出します。同じ銀行から借りていても、契約や商品、対応開始時期により方式が分かれることがあるため、前年と同じと思い込まず確認が必要です。

対象金融機関・入居年・ローンを確認する

実務上の調書方式は、令和6年1月1日以後に入居した人について、対応を終えた金融機関から順次移行しています。令和8年分を年末調整する2年目以後の人は、主に令和6年または令和7年入居です。令和8年入居の人は初年度確定申告の対象です。

国税庁の調書方式に対応した金融機関の一覧は、公表に同意した金融機関を掲載しています。年の途中で対応を始める金融機関もあるため、一覧に銀行名があるかだけで判定せず、借入先へ次の点を確認してください。

調書方式を利用するには、金融機関へマイナンバー等を記載した「住宅ローン控除の適用申請書」を提出します。マイナンバーを利用しない金融機関では、e-Taxの利用者識別番号を記載する場合があります。様式、受付方法、期限は金融機関ごとに異なります。

年末調整用データを取得・提出する4手順

1. 調書方式の対象と適用申請を確認する

   借入先、契約・商品、入居年、対応開始時期を確認します。金融機関へ住宅ローン控除の適用申請書を出しているか分からなければ、借入先の住宅ローン窓口へ確認します。

2. e-Taxの電子交付設定を確認する

   令和8年9月24日以後は、原則としてe-Taxマイページの通知書等の受領方法で電子交付へ事前に一括同意します。一括同意には、e-Taxマイページへのメールアドレス登録が必要です。No.1230では、その年分を電子で受け取りたい場合、おおよそ10月末までの手続が案内されています。

   令和8年9月23日以前の申告・申請で電子交付に同意済みなら、従前の同意で交付される場合があります。全員が再設定必須とは限らないため、e-Taxの受領設定を確認してください。

3. e-Taxから控除証明書等データを保存する

   電子交付は毎年11月中旬ごろ、e-Taxメッセージボックスへ控除証明書が格納されます。該当する通知を開き、「保存する（XML形式）」から税務署発行の控除証明書等データを保存します。メッセージ詳細の確認には、マイナンバーカード等の電子証明書による認証が必要です。

4. 会社指定の形式で申告書を作成・提出する

   電子受付なら、保存した控除証明書等データを年調ソフトや会社指定ソフトへ取り込み、住宅借入金等特別控除申告書データを作成します。提出用データを、会社指定の給与・年末調整システムから提出します。

   紙受付なら、元のXMLを国税庁のQRコード付証明書等作成システムへ読み込ませ、QRコード付き書面を出力して提出します。

会社が電子受付か紙受付かで提出物を分ける

勤務先が電子提出に対応している場合、e-Taxから保存した元XMLを年調ソフトや会社指定ソフトへ取り込みます。国税庁の年調ソフトでは、作成した申告書データと元の控除証明書等データをまとめた提出用データを出力します。会社によって利用ソフト、ファイル形式、アップロード先が異なるため、「XMLをメールへ添付」と決めつけず、社内案内を優先してください。

勤務先が書面しか受け付けない場合は、元XMLをQRコード付証明書等作成システムへ読み込ませます。システムから出力したQRコード付き書面を印刷し、会社が案内する控除申告書とともに提出します。

QRコード付証明書等作成システムはパソコン向けです。スマートフォンは推奨環境に含まれないため、作業前に公式ページで推奨環境と事前セットアップを確認し、パソコンから利用してください。

正規データ・書面の代用にならないもの

• XMLをブラウザー等で開いた画面の印刷・PDF保存
• e-Taxメッセージボックスや証明書画面のスクリーンショット
• 紙の証明書を本人がスキャンして作った画像・PDF

XMLには電子署名等の情報が含まれ、専用ソフトで正当性を確認します。勤務先が独自に画像アップロードも求める場合はその案内に従いますが、画像だけで国税庁の電子的控除証明書等データを置き換えられるとは考えないでください。

データが届かない・残高が入っていないとき

11月中旬を過ぎてもデータが見つからない場合は、まずe-Taxマイページの受領方法とメッセージボックスを確認します。電子交付を選んでも書面交付になる場合があるため、郵送物も確認してください。次に、金融機関への適用申請書の提出状況、登録した氏名・住所・生年月日等、対象契約と対応開始年を借入先へ確認します。同時に勤務先へ未着と入手見込みを伝え、社内で処理できる最終日を確認してください。

金融機関が調書方式へ切り替わり、適用申請書を提出した年や、調書方式に対応する金融機関へ借り換えた年は、控除証明書へ年末残高や控除見込額が記載されない場合があります。このときは金融機関の返済計画表等を基に控除額を計算します。空欄を自己判断で埋めず、金融機関と勤務先へ確認してください。

調書方式に対応する金融機関と対応しない金融機関の両方から借りている場合、税務署の控除証明書に入るのは、調書方式に対応する金融機関分の年末残高だけです。非対応金融機関から交付された年末残高証明書を確認し、両方を含む年末残高金額と控除見込額を再計算します。年末調整では、非対応金融機関の年末残高証明書も添付して勤務先へ提出してください。

書面交付を選んだ場合、入居2年目の11月下旬ごろに、適用期間分の控除証明書がまとめて郵送されます。ただし年末残高等が記載されるのは2年目分だけです。3年目以後の書面では、返済計画表等をもとに計算するのが原則です。年末残高入りのデータが必要なら、電子交付の手続を税務署へ確認してください。

入居初年度は年末調整ではなく確定申告

住宅ローン控除を初めて受ける年分は、給与所得者でも確定申告が必要です。令和8年入居なら、令和8年分を会社の年末調整へ出すことはできません。調書方式に対応したローンでは、金融機関へ適用申請書を提出し、e-Taxの情報取得希望登録とマイナポータル連携の事前準備をすると、確定申告書等作成コーナーへ年末残高情報を自動入力できます。

2年目以後の年末調整用データ取得と、初年度確定申告のマイナポータル連携は、同じ調書方式でも目的と時期が違います。この記事の4手順は、初年度確定申告を済ませた後の年末調整を対象にしています。

提出前後に使える関連ツール・記事

計算結果は参考値です。正式な控除証明書等データ、会社提出用データ、QRコード付書面は、国税庁・e-Taxのシステムと勤務先の案内に従って準備してください。

よくある質問

出典

• 国税庁 No.1230「調書方式による住宅借入金等特別控除」
• 国税庁「調書方式に対応した金融機関の一覧」
• 国税庁「調書方式に関するよくある質問」
• 国税庁「住宅取得資金に係る借入金等の年末残高等情報のマイナポータル連携に関するFAQ」
• e-Tax「処分通知等の電子交付について」
• e-Tax「QRコード付証明書等作成システム」
• 国税庁「年末調整手続の電子化の概要」
• 国税庁「給与所得者（従業員）の方へ（令和8年分）」

本記事は一般的な手続の整理です。金融機関ごとの対象契約・適用申請期限、勤務先の提出形式・社内締切、借換えや複数ローンの個別処理は、それぞれの窓口へ確認してください。