年末調整の提出期限に間に合わなかったときの対応【令和8年分】

年末調整の書類が社内締切に間に合わなくても、何もせず確定申告まで待つ必要はありません。 会社が年末調整を処理する前なら受け付けてもらえることがあり、処理後でも書類によっては再計算できる場合があります。

ただし、11月末など全国共通の社内締切はありません。法令上は申告書ごとに提出時期があり、そのうえで勤務先は給与計算や源泉徴収票の作成日程に合わせて社内締切を決めています。この記事では2026年（令和8年分）について、未提出、証明書未着、前職の源泉徴収票未着からの戻り方を整理します。

期限を過ぎたら、まず会社へ連絡する

未提出・未着の書類を特定する
申告書そのものを出していないのか、申告書は出したものの控除証明書が届いていないのかを分けます。前職の源泉徴収票がない場合も、別に伝えてください。
入手状況と提出できる日を確認する
証明書の電子交付、発行元への再発行依頼、前職への交付依頼を進めます。「依頼済み、○月○日到着予定」のように会社へ伝えられる状態にします。
会社の処理状況と次の提出方法を聞く
年末調整前なら追加提出先を、処理済みなら再計算できる書類と社内期限を確認します。会社で対応できない場合は、源泉徴収票を受け取って本人が確定申告します。

税務署へ行く前に勤務先へ確認

社内締切を過ぎたという事実だけでは、会社が受け付けられないと決まったわけではありません。一方、国税庁の手続上の時期を理由に、会社へ追加処理を当然に求められるとも限りません。まず勤務先の処理状況を確認するのが最短です。

状況別：今することと会社への確認事項

会社の社内締切後に確認する順番。受付日と提出方法は勤務先ごとに異なります。
状況	今すること	会社に確認すること
申告書が未提出	記入してすぐ連絡	処理前か・提出方法
控除証明書が未着	電子交付・再発行を確認	後日提出の対象か・社内期限
前職の源泉徴収票が未着	前職へ交付状況を確認	現職で受け付けられる最終日
年末調整が処理済み	不足書類をそろえる	再計算できるか・源泉徴収票の交付日

「1月31日までなら大丈夫」と一括りにしないでください。申告書の提出忘れ、控除証明書の未着、前職給与の確認不能では取扱いが違います。会社がすでに源泉徴収票を作成しているかどうかでも、その後の案内は変わります。

会社への問い合わせ例

メール・社内チャットの文例

令和8年分の年末調整書類について、社内締切を過ぎていることに気づきました。未提出の書類は「○○」です。現在は「未着／再発行依頼済み」で、○月○日に提出できる見込みです。今から受け付け可能か、提出方法と会社で再計算できる期限を教えてください。会社での処理が難しい場合は、確定申告に使う源泉徴収票の交付予定日も教えてください。

証明書の画像だけを先に送る、金額だけをチャットで伝えるといった方法は、会社から案内された場合に限ります。紙の原本、電子データ、社内システムへの登録のどれが必要かを確認してから提出してください。

証明書が後から届く場合

申告書の提出忘れは源泉徴収票の交付時まで

令和8年分の年末調整Q&Aでは、基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、特定親族特別控除申告書、所得金額調整控除申告書、保険料控除申告書を出し忘れた場合、会社が後日提出を受け、翌年1月に源泉徴収票を交付する時まで再計算できるとしています。会社が必ず受け付けるという意味ではないため、書類を完成させてすぐ相談してください。扶養控除等申告書を当初から出していないケースは、この取扱いへ一律に含めません。

令和8年分の年末調整の手引きと所得税基本通達では、保険料控除申告書へ内容を記載して提出したものの証明書を確認できない場合に、翌年1月31日までの提出・提示を条件として控除を反映して年末調整できる取扱いがあります。

後日提出の対象となる証明書

生命保険料控除証明書（一般、介護医療、個人年金）
地震保険料控除証明書（旧長期損害保険料を含む）
国民年金保険料と国民年金基金掛金の証明書
小規模企業共済等掛金の証明書（本人払いのiDeCo掛金など）

会社は、期限までに証明書が提出されなければ該当する保険料や掛金を控除から外して再計算し、不足する税額を徴収します。勤務先の回収日程はさらに早い場合があるため、証明書の到着を待ってから連絡するのではなく、未着の時点で相談してください。

住宅ローン控除は別の取扱い

住宅ローン控除の2年目以降で年末残高等証明書が間に合わない場合は、翌年1月31日までに勤務先へ提出して再計算を受ける方法、または本人が確定申告する方法があります。保険料控除の証明書と同じ理由で処理するのではなく、会社へ住宅ローン控除として確認してください。

会社で年末調整できない場合

扶養控除等申告書を出していなかった

年末調整の対象は、扶養控除等申告書を年末調整の日までに提出している一定の人です。当初から申告書を提出していなかった場合に、処理後でも会社が必ず再計算するという一律の取扱いは確認できません。まず会社へ提出可否を聞き、対応できなければ本人が確定申告で精算します。

前職の源泉徴収票が間に合わなかった

前職へ扶養控除等申告書を提出して受けた給与を合算する転職者について、現在の勤務先は前職の支払金額、源泉徴収税額、社会保険料等を源泉徴収票などで確認します。確認できなければ、現在の勤務先では年末調整を行えません。前職へ交付・再発行を依頼し、現職で受け付けられない場合は、前職と現職の源泉徴収票がそろってから確定申告します。

前職票の回収手順は転職した年の年末調整で詳しく整理しています。源泉徴収票の未着と、保険料の控除証明書未着を同じ扱いにしないことが大切です。

確定申告へ進む場合

会社から「年末調整には反映できない」と案内されたら、令和8年分の源泉徴収票と、追加したい控除の証明書を保管します。源泉徴収された所得税が納め過ぎで、ほかに確定申告義務がない人は、2027年1月1日から2031年12月31日まで還付申告ができます。

申告義務がある人は原則2027年3月15日まで

給与収入が2,000万円を超える人、給与以外の所得が一定額を超える人、2か所給与などで国税庁の条件に当てはまる人は、通常の確定申告期限までに申告・納付します。「年末調整で控除が漏れたから全員5年以内」と考えず、申告義務の有無を先に確認してください。還付申告をする場合も、申告する年分のほかの所得を含めて申告します。

会社で年末調整は済んだものの還付が給与へ反映されていないときは、書類漏れとは別の確認が必要です。年末調整の還付金はいつ戻るかで、給与明細と会社への確認順を見てください。

よくある質問

会社の提出期限を1日過ぎただけでも確定申告が必要ですか？

すぐに確定申告と決まるわけではありません。会社がまだ年末調整を処理していない場合や、追加提出を受け付けて再計算できる場合があります。まず給与・人事担当へ、未提出書類と提出できる日を伝えて確認してください。

年末調整の書類は何でも翌年1月31日まで出せますか？

何でも一律に出せる期限ではありません。申告書の提出忘れ、証明書の後日提出、住宅ローン控除では根拠と条件が異なります。会社の受付日程もあるため、1月31日まで待たずに連絡してください。

iDeCoの掛金払込証明書が届いていなくても年末調整できますか？

保険料控除申告書に掛金を記載して提出し、翌年1月31日までに証明書を提出・提示することを条件に控除して年末調整できる取扱いがあります。会社がその方法で処理できるか、証明書の提出先と社内期限を先に確認してください。

扶養控除等申告書を提出していない場合も後から再計算できますか？

年末調整の対象は、扶養控除等申告書を年末調整の日までに提出している一定の人です。当初から未提出だった人について、会社が年末調整後に一律に再計算できるとは限りません。すぐ会社へ提出可否を確認し、対応できなければ確定申告で精算します。

確定申告は5年以内ならいつでもよいですか？

5年間提出できるのは、確定申告義務がなく、納め過ぎた所得税の還付を受けるための還付申告です。確定申告義務がある人は、原則として令和8年分を2027年3月15日までに申告・納付します。自分がどちらに当たるかを分けて確認してください。

出典

本記事は2026年10月5日に、令和8年分（2026年分）の一次資料を確認して作成しています。

勤務先ごとの提出期限、受付方法、再計算の可否は、会社の給与・人事担当者からの案内を優先してください。